Caracterización in silico y análisis filogenético de la malato sintasa de Paracoccidioides brasiliensis asociada a su proceso de infección

Julio K. Huayhua, Luis A. Rodriguez, Gustavo A. Sandoval

Resumen


Objetivo: Realizar la caracterización in silico de la proteína malato sintasa de Paracoccidioides brasiliensis relacionada con su proceso de infección. Materiales y métodos: Se obtuvo la secuencia aminoacídica de malato sintasa de P. brasiliensis (código de accesión: AQ75800.3) del GenBank. Dicha secuencia fue utilizada para determinar sus principales parámetros bioquímicos, dominios y regiones conservadas, predicción de estructuras secundarias y modelamiento tridimensional, empleando las herramientas bioinformáticas ProtParam, Clustal Omega, PHD Secondary Structure Prediction, SWISSMODEL, Phyre2 y Robetta, respectivamente. La visualización y comparación de los modelos tridimensionales se realizó empleando PyMol. Finalmente, se buscó el modelo de sustitución aminoacídica con modelgenerator_v_85 y se usó para generar una filogenia de máxima verosimilitud en PHYML, la cual se visualizó en FigTree.

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DOI: http://dx.doi.org/10.21679/arc.v3i2.72

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